Na cidade de Tóquio-3, décadas após o evento cataclísmico conhecido como o "Impacto de Segundo Impacto," a humanidade vive em um mundo pós-apocalíptico, constantemente ameaçada por misteriosos seres gigantes chamados "Anjos." Para enfrentar essa ameaça, a organização NERV retoma seu programa Evangelion e recruta um novo piloto, Shinji Ikari, um jovem recluso e perturbado.
À medida que Shinji se adapta à sua nova vida como piloto de Eva, ele se vê envolvido em um mistério que envolve a verdadeira natureza dos Anjos, os segredos sombrios por trás da organização NERV e a misteriosa organização rival, os "Guardiões da Ascensão."
Conforme a série avança, Shinji forma laços com outros pilotos de Eva, incluindo a misteriosa Rei Ayanami e a decidida Asuka Langley Sohryu. Juntos, eles enfrentam uma série de Anjos cada vez mais poderosos, enquanto desvendam os segredos sombrios que cercam a origem dos Evangelions e sua conexão com o Impacto de Segundo Impacto.
No entanto, à medida que a luta contra os Anjos se intensifica, uma nova ameaça surge: uma facção dentro da NERV, liderada pelo carismático e enigmático Kaworu Nagisa, que acredita que a única maneira de salvar a humanidade é acelerar o "Terceiro Impacto" e alcançar um novo estágio da evolução. Isso coloca Shinji em um dilema moral, pois ele deve decidir se deve se unir aos Guardiões da Ascensão ou lutar para impedir seu plano de destruição.
Enquanto a série avança, os laços entre os personagens se aprofundam, segredos são revelados e os conflitos internos da NERV e dos Guardiões da Ascensão atingem seu clímax. No final, Shinji deve fazer uma escolha que afetará não apenas seu próprio destino, mas o destino de toda a humanidade.
"Rebuild of Evangelion: Renascimento do Caos" é uma saga emocionante que reimagina a história clássica de "Neon Genesis Evangelion" com novos personagens, reviravoltas surpreendentes e uma exploração mais profunda dos temas filosóficos e psicológicos que tornaram a série original tão icônica.